En el Valle Sombrío hay un cuerpo celeste, llamado la Luna Oscura, que tiene un efecto pacificador en los fantasmas de la zona, razón por la cual el Profesor Fesor decide ir a investigar a los fantasmas y más sucesos paranormales. Sin embargo, un día, una silueta que se acerca a la Luna Oscura, (que sin duda es el Rey Boo, pero no se revela hasta el final), la destruye y provoca que el Valle Sombrío se vea envuelto en una niebla morada y que los fantasmas se vuelvan hostiles. De este modo, el Profesor Fesor huye del lugar hasta su base no muy lejos de la zona. Mientras tanto, Luigi duerme en su mansión original de Luigi's Mansion hasta que un día el Profesor Fesor lo llama a través del televisor y le pide ayuda. Aunque Luigi se niega, el Profesor Fesor lo ignora y lo trae hasta su base, (cosa que hace casi siempre a lo largo del juego). Una vez en la base del Profesor Fesor, éste le explica a Luigi los sucesos y le pide ayuda. También le dice que encontró un fragmento, pero eso implicaba que la Luna Oscura estaba rota y que el fragmento está envuelto en una extraña energía; sin embargo, el Profesor Fesor logra "limpiarla" y regresarle el efecto pacificador, pero únicamente al fragmento. Así, una parte del Valle Sombrío (Villa Tenebrosa), se desaloja de la niebla morada. Al no tener alternativa, Luigi va a la Villa Tenebrosa e inicia su nueva aventura. Ahí consigue la Succionantes 5000 que usará a lo largo del juego para capturar fantasmas. Así, mientras Luigi descubre nuevos fragmentos de la Luna Oscura, el Valle Sombrío se va despejando de la niebla y de los fantasmas hostiles
