Big Kahuna Reef se encuentra en un arrecife submarino con un tablero con forma de cuadrícula, cubierto por varias cosas que tienen que coincidir en líneas verticales u horizontales de tres o más. Para pasar el nivel y el progreso, un jugador debe romperlos todos haciendo cadenas de objetos (como estrellas de mar o conchas), antes de que se acabe el tiempo. Entre niveles, se obtienen puntos que desbloquean nuevos peces y otras criaturas submarinas. Durante los intervalos entre niveles, uno puede crear y observar su arrecife personal y sus criaturas en el modo Pantalla de peces.
Una función de juego relajado permite elegir cualquier nivel, sin límite de tiempo. El juego también incluye un editor, que brinda a los jugadores la oportunidad de crear sus propios tableros, lo que representa hasta miles de niveles adicionales gratuitos creados por usuarios de personas de todo el mundo.
